Dầu nhuyễn thể rất giàu axit béo omega-3, chủ yếu là axit Eicosapentaenoic (EPA) và axit Docosahexaenoic (DHA), gắn với gốc phospholipid. Dầu nhuyễn thể thường được so sánh với dầu cá. Mặc dù cùng là nguồn cung cấp các axit béo omega-3 thiết yếu đối với cơ thể nhưng về bản chất thì hai loại dầu này rất khác nhau. 

Điểm khác biệt đầu tiên và quan trọng nhất chính là gốc axit béo omega-3. Không giống như omega-3 từ dầu cá có gốc triglyceride, các axit béo omega-3 từ dầu nhuyễn thể hầu hết đều có gốc phospholipid. Triglyceride là một este gồm 3 axit béo liên kết với 1 gốc glycerol, trong khi phospholipid chỉ gồm 2 axit béo liên kết với 1 gốc glycerol. Nhóm phosphat có trong phospholipid liên kết với một đầu hữu cơ ưa nước, đồng thời cũng liên kết với gốc glycerol. Đầu hữu cơ ưa nước này bao gồm choline (là chủ yếu), ethanolamine, glycerol, inositol orserine. Cấu trúc khác nhau giữa hai loại axit béo tạo nên những đặc tính khác nhau giữa chúng. Trong khi triglyceride kị nước và không thể hòa tan thì phospholipid với 1 đầu kị nước và 1 đầu ưa nước giúp nó có khả năng hòa tan tốt hơn.[3][4] 

Điểm khác biệt thứ hai là về  khả năng chống oxi hóa.. Trong dầu nhuyễn thế chứa hàm lượng chất chống oxy hóa tự nhiên cao hơn dầu cá đến 47 lần. Astaxanthin là thành phần mang đến tác dụng chống oxi hóa mạnh mẽ cho dầu nhuyễn thể.[5][6]

Khác biệt kế tiếp là dầu nhuyễn thể là sản phẩm "xanh, sạch và an toàn" hơn dầu cá. Theo các tài liệu được công bố thì loài sinh vật có vị trí càng thấp trong chuỗi thức ăn thì càng chứa ít độc tố hơn. Nhuyễn thể là sinh vật nằm cuối chuỗi thức ăn, chỉ ăn các sinh vật đơn bào nên rất sạch, không bị nhiễm độc chất, kim loại nặng (ví dụ như chì, thủy ngân,…) từ môi trường nên sản phẩm dầu nhuyễn thể rất "sạch" khi dùng cho cơ thể, đặc biệt là trẻ nhỏ. Nhuyễn thể là loài gần như không thể tuyệt chủng, việc đánh bắt nhuyễn thể được quản lý rất chặt chẽ, thời gian đánh bắt phải theo mùa và sản lượng đánh bắt phải được cấp phép bởi CCAMRL nên dầu nhuyễn thể là một sản phẩm "xanh" rất thân thiện với môi trường.

Ngoài ra, do được chiết xuất từ nhuyễn thể nên dầu nhuyễn thể có vị tôm thơm ngon, không gây ợ tanh như dầu cá.